Kada se CNC sistem aktivira, željeni rezovi se programiraju u softver i diktiraju odgovarajućim alatima i mašinama, koji izvršavaju dimenzionalne zadatke kako je navedeno, slično kao robot.
U CNC programiranju, generator koda unutar numeričkog sistema često pretpostavlja da su mehanizmi besprijekorni, uprkos mogućnosti greške, koja je veća kad god je CNC mašina usmjerena da seče u više od jednog smjera istovremeno. Postavljanje alata u sistem numeričke kontrole ocrtano je nizom ulaza poznatih kao program obrade.
Kod numeričke kontrolne mašine, programi se unose putem bušenih kartica. Nasuprot tome, programi za CNC mašine se unose u računare preko malih tastatura. CNC programiranje se zadržava u memoriji računara. Sam kod pišu i uređuju programeri. Stoga, CNC sistemi nude daleko veći računski kapacitet. Najbolje od svega, CNC sistemi nikako nisu statični jer se noviji upiti mogu dodati već postojećim programima kroz revidirani kod.